Sau khi đến Savoia, Anne Marie chịu ảnh hưởng của người mẹ chồng thân Pháp cũng như là đồng minh quyền lực của Pháp tại triều đình Savoia. Anne Marie được miêu tả là một người con dâu ngoan ngoãn và khiêm tốn, luôn trung thành tuân theo những mong muốn của mẹ chồng Marie Jeanne. [3] Mối quan hệ thân thiết của Anne Marie với mẹ chồng không được chồng coi trọng, thậm chí coi đó là một mối đe dọa chính trị, vì từ lâu Vittorio Amadeo đã phản đối những ảnh hưởng của mẹ trong chính trị. [3]

Mối quan hệ cá nhân giữa Anne Marie và Vittorio Amadeo được cho là có phần nguội lạnh trong những năm đầu của cuộc hôn nhân, [1] một phần do Vittorio Amadeo ngoại tình và phần vì Vittorio thất vọng khi vợ không sinh được con trai trong vài năm đầu cuộc hôn nhân. Anne Marie lần đầu nắm giữ chức vụ nhiếp chính khi Vittorio Amadeo vắng mặt khỏi Công qưốc vào năm 1686, và được cho là đã xử lý tốt công việc dù còn trẻ tuổi. [1]

Khi Vittorio Amadeo cắt đứt quan hệ với Pháp vào năm 1690, Anne Marie và các con đã đi cùng mẹ chồng rời thủ đô để phản đối. [3]

Bất chấp mối quan hệ hôn nhân với Pháp, Vittorio Amadeo vẫn gia nhập phe chống Pháp trong Chiến tranh Kế vị Tây Ban Nha. Anne Marie được chồng bổ nhiệm làm nhiếp chính của Savoia trong thời gian Vittorio vắng mặt vì chiến tranh, một nhiệm vụ mà Anne Marie đã đảm nhiệm một cách chín chắn và sáng suốt. [1] Năm 1706, Torino bị quân Pháp bao vây dưới sự chỉ huy của Philippe II xứ Orléans, em trai cùng cha khác mẹ của Anne Marie, và lực lượng Tây Ban Nha của người cháu họ cũng như là con rể Felipe V của Tây Ban Nha. Anne Marie và các con trai Vittorio Amadeo Giovanni và Carlo Emanuele bị buộc phải trốn sang Genova. [6]

Khi chiến tranh kết thúc vào năm 1713 theo Hiệp ước Utrecht, Vittorio Amadeo nhận được Vương quốc Sicilia vốn trước đây thuộc sở hữu của Tây Ban Nha. Mẹ kế của Anne Marie đã viết rằng: Ta sẽ không được cũng không mất trong hòa bình, nhưng có một điều ta sẽ thích thú là được nhìn thấy Công tước phu nhân xứ Savoia của chúng ta trở thành Vương hậu, bởi vì ta yêu con bé như thể con bé là con ruột của ta... [lower-alpha 2] [7] Khi Vittorio Amadeo lên đường đến Sicilia để đăng quang, ban đầu Anne Marie sẽ ở lại Savoia đảm nhiệm vai trò nhiếp chính, nhưng vì anh sợ rằng vợ của nghe theo mẹ, Vittorio Amadeo đã đưa vợ đi cùng. [3] Do đó, Anne Marie đã đăng quang cùng chồng ở Sicilia.

Sau cái chết của con trai cả vào năm 1715, Anne Marie và Vittorio Amadeo đều rơi vào tình trạng trầm cảm nặng và rời thủ đô để tang cho con trai, để lại Marie Jeanne đảm đương chính sự của hai vợ chồng. [3] Năm 1720, tuy vẫn giữ tước hiệu Quốc vương nhưng Vittorio Amadeo buộc phải đổi Sicilia mà lấy Công quốc Sardegna có vị thế ít quan trọng hơn. Với tư cách là phối ngẫu của Vương tộc Savoia, Anne Marie được quyền sử dụng Cung điện Vương thất Torino, Palazzina di caccia di Stupinigi rộng lớn bên ngoài thủ đô và Vigna di Madama Reale. [8]

Vương hậu Anne Marie qua đời vì bị suy tim tại biệt thự của mình vào ngày 26 tháng 8 năm 1728, một ngày trước sinh nhật lần thứ 59. Anne Marie được chôn cất tại Vương cung thánh đường Superga ở Torino, nơi mà tất cả các con của Anne Marie, ngoại trừ hai người con gái Maria Adelaide và Maria Luisa, cũng được chôn cất.